自然感染时，某些慢性感染猪有明显眼观病变，表现为恶病质、胃充满气体而腹部膨胀。

猪血凝性脑脊髓炎的病理变化可分为两类，即中枢神经系统的变化和呼吸道的变化。但眼观病变不明显。在某些脑脊髓炎病例，可以见到轻微的卡他性鼻炎。。呕吐—消耗病病例中，只有少数出现胃肠炎的变化。

病理组织学：在急性病猪中，扁桃体、神经系统、呼吸系统和胃可见显微损伤。病变特征为扁桃上皮变性和隐窝的淋巴细胞浸润。在20%的自然感染猪及大多数人工感染猪中，鼻甲、支气管和肺泡上皮细胞变性和间质性支气管周肺炎，有中性粒细胞和巨噬细胞浸润。

大多数脑脊髓炎型病例出现非化脓性脑炎变化。有神经症状的HE’V感染猪中有70u/o—100%，在VWD综合征猪中有20%～60%病例出现非化脓性脑脊髓炎。其特征为血管套现象、神经胶质细胞增生和神经元变性。部分呕吐型病例也可出现类似的病。人工实验感染的仔猪神经细胞的胞质中，可见到病毒粒子。其病理变化特征是脑血管周围有巨噬细胞、淋巴细胞、单核细胞浸润形成的细胞套，胶质细胞增生，神经细胞变性死亡和卫星状。大多数病变发生于间脑、，脑桥、延脑、脊髓上部等处的灰质部，并伴有脑脊髓液增多。在脑桥、延脑和上部脊髓背根的灰质中最为显著。可能是HEV在CNS中增殖后引起特异性免疫应答表现有外周感觉神经节（尤其三叉神经节）的神经炎。在VWD综合征病猪中有15% N85%还表现有胃壁和肺的显微病变，胃壁神经节变性和血管周围套，在幽门腺区尤为明显。

在人工感染实验的病例，可以见到沿上呼吸道蔓延的黑红色区域。从急性病中康复过来的仔猪体重下降，或转为慢性型疾病，增重慢，病理变化不明显。目前还未见有脱髓鞘的报道。虽然HEV在免疫学上与Teschen病的病毒没有亲缘关系，但是组织学上却又不可能把猪血凝性脑脊髓炎与Teschen病区别开。