1．样品采集和运输：由各级兽医行政防疫机关派专人采集和护送到上一级机构。组织样品应采集未破裂或刚破裂的新鲜水疱皮，在不能获得水疱皮的情况下，也可采集血液和食道、咽黏液样品，死亡病例可采集心肌组织或血液，但若可能仍以水疱皮最佳。至少采集3-4头动物的样品，置低温条件下安全送交实验室。

2．抗原检测：采用PBS缓冲液研磨离心制备10%水疱皮组织悬液或离心澄清黏液样品，采用型特异性标准血清，进行补体结合试验鉴定病毒血清型。此方法检测费用低但检测敏感性、特异性不足，并且受前补体和抗补体因子的影响。目前，更多采用快速、敏感、特异的免疫捕捉ELISA检测方法，该方法操作简便且在3h内可获得型特异性检测结果。

3。病毒分离鉴定：将野外样品组织悬液离心澄清，接种未断奶乳鼠和敏感细胞系（牛甲状腺原代细胞，猪、牛、羊羔肾原代细胞，BHK-21、IB-RS-2传代细胞系），进行病毒分离，通常连续盲传3代，观察乳鼠发病死亡情况和特异性细胞病变，进行病毒分离。病毒鉴定可采用补体结合试验或免疫捕捉ELISA。

4．核酸检测和序列分析：目前已建立同时鉴别7个不同血清型的特异性复合RT-PCR检测技术对本病进行诊断和鉴别。在每个血清型内根据病毒基因（通常采用VPI编码基因ID）核昔酸序列的同源性差异，划分不同的基因型，进一步分析毒株间的起源、地理分布及系统发育关系。

5．血清学检測：采用微量病毒中和试验和液相阻断ELISA检测血清样品中的特异性抗体，用于本病诊断。微量病毒中和试验和液相阻断ELISA为OIE推荐的国际贸易指定的口蹄疫诊断方法。克隆表达口蹄疫病毒3AB或3ABC非结构蛋白，建立病毒感染相关性抗体间接ELISA及酶联免疫电转移印迹( EITB )检测技术，用于鉴别自然感染和疫苗免疫动物。