猪流感初次于一九一八年大爆发期间被认定为与人流感有关的疾病,当时猪和人同时发病。十年后于一九叁零年,才第一次确认它是引发猪疫的一种流感病毒。接下来的六十年,猪流感毒株几乎都是H1N1。然后,于一九九七至二零零二年间,叁种不同亚型和五种不同原型的新型毒株冒了出来,成为北美不同猪流感的引因。一九九七至一九九八年,出现了几种H3N2毒株。这些毒株,包括由人类、猪只、及禽鸟的病毒基因重组而演变出来的新型毒株,成为引发北美猪流感的主因。H1N1和H3N2的基因重组产生了H1N2。一九九九年在加拿大,一种H4N6毒株在禽类和猪只之间交叉重组而成,但被控制在一个农场内。