炭疽杆菌的毒力主要取决于荚膜多糖和炭疽毒素。

  炭疽杆菌或芽孢侵入机体后，首先在侵入部位增殖或出芽繁殖，并引起炎症反应。同时获得荚膜，它可保护菌体不受白细胞的吞噬和溶菌酶的作用。该菌可以产生一种可以引起局部水肿的毒素，菌体可在水肿液中繁殖，并经淋巴管进入局部淋巴结繁殖，由此进入血流发生败血症。

  病畜的致病与死亡是由于菌体释放的外毒素蛋白复合物作用所致。外毒素蛋白复合物由三种成分组成：水肿因子(EF)、保护性抗原(PA)及致死因子(IF)。三种成分单独均无毒性作用，至少要有两种相关成分协同，才能引起相应作用。它们的整体作用是损害和杀死吞噬细胞，激活凝血酶原，发生弥漫性血管内凝血，损伤毛细血管上皮使液体漏出，血压下降，病畜陷人休克状态。毒素蛋白复合物亦能抑制补体的活力，因而使吞噬作用低下。毒素蛋白复合物对动物的最终作用是水肿、休克及死亡。这种作用可用特异性抗血清中和。