因为胞内劳森菌难于人工培养，须采用其他方法诊断。可通过证明粪便中含有胞内劳森菌InJ对本病做出确诊。亦可采用由胞内劳森菌特异性引物进行的PCR或采用间接免疫荧光抗体试验做ILpl病原性诊断。

慢性病例表现生长缓慢，急性者则腹泻，有时便血。病理变化为肠壁特别是回肠壁增厚，肠黏膜泛起脑回样皱褶，或有不同程度水肿，可作出疑有本病的判定。

组织学切片检查，见回肠壁增厚，肠细胞包括肠腺细胞增生，细胞原生质内有大量胞内菌，革兰氏染色阴性，抗酸染色阳性，镀银染色（多用Warthin-Starry法）可着色，据此可做出诊断：

血清学诊断可采用全菌抗原进行间接免疫荧光试验或者ELISA试验。血清学试验结果证明猪对胞内劳森菌反应产生的的血清抗体是特异性的，主要有IgM和lgG。在泛起病变时，检查抗体反应效果良好，但并不是所有已感染的动物都会发生血清阳转。

PCR法是诊断胞内劳森菌及其所致疾病的提高前辈方法。被检材料可以是病变组织（如回肠）或肠内容物、粪便，即使是已被福尔马林固定的或石蜡包埋的组织或冰冻切片用的组如   ，片均可作为被检材料，但检样数目应较多( 40-50片以上)，因每一切片中所含细菌的DNA量太少。PR法不仅可用于死后病理材料的检修，还可用于生前诊断（取粪便）。通过对上述各种诊断方法检出率的比较，以为PCR法最敏感，检出率较高，其次是间接免疫荧光抗体法，再其次是Warthin-Starry镀银染色法。以上3种方法，包括有经验的眼观判定，均有相称的可靠性。