要使消毒药达到及时杀灭病原体，有效切断传播途径的效果，控制疫情，操作中应注重以下几方面。
消毒剂选配要得当
养殖者应根据不同的消毒对象、要求和环境条件等，使用当地兽医防疫部门推荐的消毒剂。选购时检查其标签和说明书，以确定是否是兽医药监部门批准生产、销售的合格、有效期内的消毒剂。同时考虑消毒剂是否具有价格低廉、易溶于水、无残毒，对被消毒物无损伤，在空气中较稳定，使用方便，对预防和扑灭的疫病有广谱、快速、高效消毒等作用。使用中按要求采用科学的配制方法。根据使用说明书的要求配制实际所需的浓度、适宜的温度和溶剂的选择等，药剂要现配现用，不宜久置；有些消毒药液一次配制多次使用，但应先测定有效成分含量，根据测定结果进行配制使用。
消毒方法
根据不同的消毒环境、消毒对象和被消毒物的种类等具体情况选择对其可产生高效可行的消毒方法。一般以喷雾、浸润、饮水、熏蒸等方式进行。另外还有火焰、高温、蒸煮、生物发酵等消毒方法。生产中，设计科学的消毒程序，对于两种或两种以上品种的药剂配合使用时应避免配伍禁忌。实施消毒时，先使用稀释好的消毒药剂直接进行消毒，等作用一定时间后，清除被消毒物上的污物，特别是有机物的清理要彻底。再用消毒药剂重复消毒一次，这样操作的效果会更好。长期使用消毒剂要交叉用药，避免大剂量使用或长期使用同一种消毒剂，否则，易产生耐药性，甚至造成环境污染和动物产品药残超标。因此，生产中须根据具体情况交叉用药。
重视预防性消毒
预防性消毒对疫病防控可起到事半功倍的作用。应根据当地的情况定期开展消毒。尽管有时没有发生疫病，但如果不及时消毒、净化环境，则环境中的病原体就会越积越多，病原体的数量和毒力达到一定程度时易发疫情。同时，消毒中还会存在盲区以及通过空气、野鸟、老鼠等媒体传播，同样存在威胁。因而，应经常对进出车辆、人员及物品、圈舍场所、用具等，根据不同的消毒对象选择不同的消毒剂和消毒方法进行消毒。