饲养管理不当构成猪呼吸各系统综合征的主要病原有:圆环病毒、伪狂犬病毒、猪瘟病毒、副嗜血杆菌、胸膜脑炎放线杆菌、链球菌、多杀性巴氏杆菌、败血性波氏杆菌、支原体、衣原体、弓形体、附红细胞体。这些病原，几乎广泛存在于各规模化猪场，成了各猪场的常在病原。在饲养管理不当、免疫失败、环境及气候恶劣等应激条件下，便会导致呼吸系统综合征的暴发。
消毒防疫在科普服务中，经常遇到许多奇怪的现象，有些疾病并不难诊断，有的已经确诊了，但在紧急免疫和肌注加拌料的综合防治下，病情虽然得到有效的控制，但不久后又反复发作。究其原因，关键就是日常的消毒、防疫等饲养管理工作及原生产工艺流程存在缺陷，导致疾病安全隐患永远存在，疾病便无法得到控制。

应激当市场行情较好的时候，许多养殖户从外地大量引进仔猪进行育肥或者是引进优良的品种以提高其生长速度，但是盲目地引种或育肥会导致猪场菌群的变化，打破原来生物环境的平衡，并且路途运输，饲料、环境的改变对动物是一个很大的应激，同时使得病情变得更加复杂；在一些传统的养殖地区，猪的保健从没有被列入生产的日程中去，而注重免疫认为把所有的疫苗都接种上，猪就不会生病，殊不知这种做法对猪也是一种应激。当然了，还有猪舍的通风、密度、驱虫、管理不当等的应激都会使猪的免疫力下降，导致疾病的发生。

霉变的饲料引起的危害饲料中霉菌毒素的污染及其所造成的危害目前仍是养殖者易于忽略的问题，且容易与其他疾病混淆。目前饲料工业和养殖业的着重点是抑霉、杀霉，饲料及其饲料原料无肉眼可见的霉变即可。而霉菌毒素是肉眼看不见的。它的产生至今仍对全世界畜禽及谷类饲料安全无时不存在的自然威胁，它的来源、生成及其特性导致了一系列的困扰。比如：饲料配方不变，饲料品质却出现时好时差的情况；免疫程序不变，疫苗按时接种，可是畜禽抗体水平上不去；畜禽的生产性能下降，易感性提高，疾病频频发生等一系列的问题。

目前防控霉菌及霉菌毒素危害最关键的便是做好饲料的防霉和脱毒两个环节。尤其是在规模化种猪场，脱霉制剂应长期添加。

病毒引起的免疫抑制及相关疾病（免疫失败）在一些规模化猪场里，虽然免疫程序制定得滴水不漏，但还是表现母猪的繁殖障碍以及产房或保育舍中的仔猪死亡，尤其是早期仔猪的非细菌性拉稀和育肥猪的呼吸道综合征是最令人头痛的事。其罪魁祸首是由于猪瘟、伪狂犬等免疫抑制性疾病在作怪。

1）猪瘟：目前，在规模化猪场里，种猪的亚临床感染依然存在，有持续感染和潜伏感染两种表现，前者表现为繁殖障碍（死胎、流产）和两周龄内的仔猪发病死亡，后者主要表现在保育期仔猪的发病死亡。持续感染的母猪血清中检测不到抗体或者只有较低水平的抗体，而且加强免疫不可能使其猪瘟抗体水平提高，流产胎儿经PCR检测猪瘟抗原呈阳性结果。潜伏感染的种猪，猪瘟抗体水平偏高，通常较常规免疫抗体高两个滴度以上。

2）PRRSt和PCV2引起的猪呼吸病综合征（PRDC）

本病在多数情况下，被视为PMWS的孪生病，系PRRSV或PRRSV和PCV2混合感染，致使在免疫抑制状态下，发生多病原混合感染和后续感染出现的综合征，这些病原包括支原体、巴氏杆菌、副嗜血杆菌、葡萄球菌、胸膜肺炎放线杆菌、大肠杆菌、沙门氏菌、链球菌。病毒方面的混合感染包括流感病毒、呼吸道冠状病毒、伪狂犬病毒，有时还可发现猪瘟强毒的混合感染。临床症状主要表现为咳嗽和呼吸困难，有时部分猪有全身潮红的败血症状和因微循环障碍导致的耳尖、尾端和股、前肢腋下皮肤瘀血、出血，出现瘀血斑点。剖检病理变化：大叶性肺炎、坏死性肺炎、胸膜肺炎、心包炎、浆膜炎、胸水和腹水增多等病理变化。本病的防治对策除采用PMWS的黄金守则外，应对相关病原作出正确的实验室诊断，选用细菌敏感的药物作为保健和治疗极其重要。对某些混合感染病毒作出正确诊断后，应采用相应的正确的免疫措施。

营养很多营养物质与猪免疫系统的发育有关。无论缺乏常量营养物质（碳水化合物、脂肪和蛋白质），还是缺乏必需的微量营养物质，如维生素、特定的矿物质、微量元素和必需氨基酸，都会对免疫系统产生负面影响。

环境和疾病的应激反应条件下都增加了对必需营养的需求。在理想的、低水平应激反应条件下制定的营养标准不能反映实际生产中的营养需求。养猪避免不了应激原。因此除了满足维持生长所需营养标准外，我们应该考虑免疫系统和防病的营养需要。

疾病的发生和发展通常受三种因素影响：管理水平（环境）、宿主抗病力（营养）、病原的量和毒力。这些因素相互影响，而其中任何一个因子都是以促进或抑制感染为特征的。临床症状的严重性、疾病持续时间和死亡率受病原毒力、猪的免疫状态和包括饲料特性的管理因素的影响。在养猪业，有35种以上的必需营养素和数十种重要的传染病，从而导致了数十种特异性营养-疾病综合征。