自然农业养殖法利用土著菌模拟生态环境，是重建生态环境的初级阶段，有明显的优点，也还存在不足。微生物的生存是有特定的环境条件的，圈养与野生环境不同、牲畜的种类不同、饲料不同、垫料不同、天南地北的环境不断变化，适合先前环境的菌群不一定仍适合现在的环境，原环境的菌在新环境中不一定是最好的菌群或最好的菌群组合。在肠道中生存的菌在发酵垫料中是否仍然利于存活，面对不同的垫料原料如何保护好的菌种，这些问题并不是空想着“利用自然的力量”就能顺利解决的。生物多样性是适应多变环境的自然方法，应该从相似的生态环境引进生存力更强的益生菌，按照不同菌的生理特性，优化组合，使菌与菌之间起到保护、协同的作用。

复合配方生产的微生物发酵菌剂克服了自然农业养殖法中土著菌发酵的缺点。发酵剂就象是一支联合国维和部队，是一个团队组合、菌群组合。菌来源于两方面：猪肠道内的原籍菌和能够处理粪污的有益菌（有机质转化）。引入这两类优良菌株，可将分解猪粪尿的效率大大提高。同时具有动物保健的作用。这些是土著菌没有的功能。这类型发酵剂相对于土著菌具有如下优点：

1）发酵剂中的菌种组分明确，符合国家规定安全标准，在安全性方面有所保证。

2）酵剂中的菌种均是经过优选培育的特殊菌种，茌抗逆性、繁殖速度、分解粪尿效率方面，与自然采集的土著菌相比都具有较大优势，适合养殖密度较高的养殖场。

3）在发酵剂菌种中包含可以在猪肠道定植的有益菌，在猪食用垫料中的菌体蛋白时，有益菌进入猪体内有利于提高猪的免疫力，减少疾病发生。

4）通过工业化的培养提纯，发酵剂产品活菌多，产品稳定性好。

5）发酵剂直接使用，操作简便。省去了自然农业养殖法中制作“天慧绿汁”、“汉方营养剂”、“鲜鱼氨基酸”等养剂的繁杂工序。

经过对比试验证明，使用发酵剂发酵垫料，同时配合使用微生物饲料添加剂的饲养效果要比单纯使用土著菌发酵垫料饲养，从提高日增重和降低料肉比方面效果明显。

从经济效益分析方面考虑，使用土著菌的自然农业养殖法，节省了采购发酵剂和饲料添加剂的成本，但在采集制作土著菌和其他营养剂的过程中要消耗不少人力物力，综合成本不低。而使用工业化的发酵剂配合饲料添加剂，虽然在发酵剂和添加剂方面有所投入，但操作方法简单，产品稳定，养殖效果有明显提高，前期的投入能够得到回报。