消毒药按作用水平分为高效、中效、低效三类。高效消毒药对病毒、细菌、芽孢、真菌等都有效，如戊二醛、氢氧化钠、过氧乙酸等，但它们的副作用较大，对有些消毒不适用；中效消毒药对所有细菌有效，但对芽孢无效，如乙醇、碘制剂等；低效消毒药属抑菌剂，对芽孢、真菌、亲水性病毒（非囊膜病毒）也无效，如季胺盐类等。

目前，规模化猪场的病原微生物多重感染或继发感染十分普遍，既有病毒的混合感染，也有细菌的混合感染，还有病毒和细菌的混合感染，以及存在一些原发性感染情况下出现继发感染。据调查，规模化猪场存在着猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪圆环病毒2型、口蹄疫病毒、猪瘟病毒、伪狂犬病毒、肺炎支原体、猪链球菌、胸膜肺炎放线杆菌、巴氏杆菌、猪附红细胞体、大肠杆菌等病原微生物的威胁。

选择消毒液时，要根据消毒对象、目的、疫病种类，调换不同类型的药物。如有些病毒（结构中无胞浆膜病毒）对普通消毒药不敏感，特别是圆环病毒，一般消毒药对它不起作用，应选择高效消毒药。对带猪消毒，刺激性大，腐蚀性强的消毒药不能使用，如氢氧化钠等，以免造成人畜皮肤等处伤害；对注射部位消毒可选择中效消毒药等。

由于病原微生物本身的形态结构及代谢方式等生物特性的不同，其对消毒表现的反应也不同。如G+菌比G-菌对消毒药更敏感，原因是G-菌细胞壁由丰富的类脂包膜形成，有阻止消毒药进入的作用，所以，对G-菌（如多杀性巴氏杆菌、沙门氏菌、胸膜肺炎放线杆菌等）需选择作用较强的消毒药。对具有芽孢的细菌（如炭疽杆菌），因芽孢有较厚的芽孢壁和多层芽孢膜，结构坚实，消毒药不易渗透进去，一般也应选择高效消毒药。