饲养管理不当构成猪呼吸各系统综合征的主要病原有:圆环病毒、伪狂犬病毒、猪瘟病毒、副嗜血杆菌、胸膜脑炎放线杆菌、链球菌、多杀性巴氏杆菌、败血性波氏杆菌、支原体、衣原体、弓形体、附红细胞体。这些病原，几乎广泛存在于各规模化猪场，成了各猪场的常在病原。在饲养管理不当、免疫失败、环境及气候恶劣等应激条件下，便会导致呼吸系统综合征的暴发。

消毒防疫在科普服务中，经常遇到许多奇怪的现象，有些疾病并不难诊断，有的已经确诊了，但在紧急免疫和肌注加拌料的综合防治下，病情虽然得到有效的控制，但不久后又反复发作。究其原因，关键就是日常的消毒、防疫等饲养管理工作及原生产工艺流程存在缺陷，导致疾病安全隐患永远存在，疾病便无法得到控制。

应激当市场行情较好的时候，许多养殖户从外地大量引进仔猪进行育肥或者是引进优良的品种以提高其生长速度，但是盲目地引种或育肥会导致猪场菌群的变化，打破原来生物环境的平衡，并且路途运输，饲料、环境的改变对动物是一个很大的应激，同时使得病情变得更加复杂;在一些传统的养殖地区，猪的保健从没有被列入生产的日程中去，而注重免疫认为把所有的疫苗都接种上，猪就不会生病，殊不知这种做法对猪也是一种应激。当然了，还有猪舍的通风、密度、驱虫、管理不当等的应激都会使猪的免疫力下降，导致疾病的发生。

霉变的饲料引起的危害饲料中霉菌毒素的污染及其所造成的危害目前仍是养殖者易于忽略的问题，且容易与其他疾病混淆。目前饲料工业和养殖业的着重点是抑霉、杀霉，饲料及其饲料原料无肉眼可见的霉变即可。而霉菌毒素是肉眼看不见的。它的产生至今仍对全世界畜禽及谷类饲料安全无时不存在的自然威胁，它的来源、生成及其特性导致了一系列的困扰。比如：饲料配方不变，饲料品质却出现时好时差的情况;免疫程序不变，疫苗按时接种，可是畜禽抗体水平上不去;畜禽的生产性能下降，易感性提高，疾病频频发生等一系列的问题。

目前防控霉菌及霉菌毒素危害最关键的便是做好饲料的防霉和脱毒两个环节。尤其是在规模化种猪场，脱霉制剂应长期添加。

病毒引起的免疫抑制及相关疾病(免疫失败)在一些规模化猪场里，虽然免疫程序制定得滴水不漏，但还是表现母猪的繁殖障碍以及产房或保育舍中的仔猪死亡，尤其是早期仔猪的非细菌性拉稀和育肥猪的呼吸道综合征是最令人头痛的事。其罪魁祸首是由于猪瘟、伪狂犬等免疫抑制性疾病在作怪。

猪瘟：目前，在规模化猪场里，种猪的亚临床感染依然存在，有持续感染和潜伏感染两种表现，前者表现为繁殖障碍(死胎、流产)和两周龄内的仔猪发病死亡，后者主要表现在保育期仔猪的发病死亡。持续感染的母猪血清中检测不到抗体或者只有较低水平的抗体，而且加强免疫不可能使其猪瘟抗体水平提高，流产胎儿经PCR检测猪瘟抗原呈阳性结果。潜伏感染的种猪，猪瘟抗体水平偏高，通常较常规免疫抗体高两个滴度以上。

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