蓝耳病病毒(PRRSV)的流行毒株呈现多样化趋势，变异加剧，不同毒株之间出现重组，活疫菌毒株与流行毒株重组，一个猪群中同时存在经典毒株和高致病性毒株，加重了我国兰耳病发生的复杂性与控制的难度。杨汉春教授2009年对PRRSV监测发现，猪群中高致病性兰耳病病毒株占86%(37/43)，等已出现一些变异。发现高致病性兰耳病病毒的氨基酸出现缺失或者插入，这是否会导致其毒力增强或减弱，需要进一步观察。

由于生产母猪和后备种猪存在隐性带毒，持续性感染并长期向外排毒（2-3年） ，致使兰耳病在猪群中长期存在。加之免疫抑制的出现，疫苗质量的不稳定，病毒免疫产生的滞缓性(28天后产生抗体)，病毒增殖具有抗体依赖性增强作用，(体液抗体存在时，细胞上复制病毒能力反而增强)。以及其他诱发因素(如管理失误，气候变化，饲养环境恶劣，霉菌毒素的存在与各种应激因素等)的存在，导致兰耳病常年在猪群中发生与流行。当前猪群中发生高热综合征时其原发病因仍以兰耳病病毒和圆环病毒2型为主，多数呈现散发性流行，个别地区和猪场有时呈现局部暴发流行。并表现为多种病毒混合感染并继发多种细菌感染，使病原体呈现为多元化，临床症状出现复杂化，增大了防控的难度。

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