一是参加育种协会或联合体的公司，这些协会完全独立，与政府无关，进行不同公司间的联合遗传评估及育种。

这类机构的代表是美国的“国家种猪登记协会(NSR)”和加拿大的“加拿大猪改良中心(CCSI)”。名称上，这两个似乎是官方机构，其实与官方无任何关系，完全是一种民间松散的合作机构。国内对这类机构有误区，把它们当成了对方的国家机构，给予了更多的信任，这也可能是近年从美国进口的种猪主要来自NSR系统的原因之一。事实上，中小种猪场加入NSR并无特别的门槛，NSR机构下的种猪在美国只占5%左右，由于规模小、育种技术相对单一，NSR其实不应成为我国从美国引种的唯一来源。

二是政府有介入(如政府制订标准或规程)、或政府有扶持的种猪公司，如德国的BHZP、丹麦的丹育(全国性联合育种)、挪威的Norsvin(全国性联合育种)等。

三是各自独立育种的中小型种猪公司，国内的种猪公司基本上属于这一类，但国内更像是一种扩繁性质的制种公司，而非育种公司，其改良主要依赖于引种。

①性能测定很重要；不光传统的育种值估计需要大量的表型数据，性能测定也是分子标记应用及基因组育种的基础。

②发现标记很重要，如何应用标记更重要；我国在寻找候选基因及分子标记方面做了许多工作，发现了大量的标记，但标记应用于育种实践的却很少。氟烷基因除外，这是一个80年代就开始使用的主效基因。

③性状的生物信息学、连锁分析及统计学应用是关键；在积累了大量的表型及有了大量的标记后，性状的连锁分析、生物信息学及统计学的经验成了决定应用的关键，我国在这方面的研究还很有限。

④我国传统育种的瓶颈是性能测定少、有系谱联系的表型数据积累少；我国分子育种的限制因素也还是用于连锁分析的性状表型数据太少、数据的质量太差、带有表型信息的DNA样本太少。

⑤体型有意义、但性能更重要；背膘厚推测瘦肉率有意义、但实际的瘦肉量更重要(如CT测定)，更何况我国用于计算瘦肉率的公式是二十多年前来自于国外的，已不够准确，直观的性状有意义、综合的经济效益更重要。单个性状的改进有意义、终端产品价值的提高更重要。也就是说，遗传改良的结果要让养猪人感受到，在其它因素(如管理、健康、饲料、人工成本及市场等)不变的情况下，年遗传进展带来的是更多的钱。既要让每头母猪更赚钱(如年断奶头数增加、每头断奶仔猪成本下降、母猪死亡率下降等)，也要让每头商品猪更赚钱(通过生长速度提高、饲养天数减少、料肉比改进、屠宰性能改进、胴体增加等)。参考PIC公司的遗传改良速度，育种带来的商品猪的提高为每年增加2.45美元(约15元人民币)，在母猪则表现为每头母猪每年提供的出栏猪头数增加0.58头、出栏猪公斤数每年增加116公斤(上市体重也在增加)。

⑥联合育种很重要，但紧密的遗传联系是关键；在我国，疾病的风险、种猪场之间的竞争关系制约了遗传联系的建立，也制约了联合育种的开展。

⑦基因组评估有着巨大的应用前景；基因组选择在奶牛上的应用已很广，猪育种上的应用也已开始，并且通过填充技术(Imputation)，使测定成本大大下降，实际应用已经成为可能。我国也应该开展着眼于应用的基因组评估研究，使我们在分子育种上能迎头赶上。