有学者将口蹄疫病理发生分为以下4个阶段

1．浆液性渗出（或原发性水疱）阶段  FMD病毒由消化道黏膜、呼吸道黏膜或损伤的皮肤侵人机体后，首先在侵入部位的上皮细胞内迅速繁殖，引起浆液性渗出而形成原发性水庖，称其为第一期水疱。此时，感染动物通常不表现临床症状或只表现轻度发热，因此往往不容易发现。人工感染时，浆液性水疱一般出现于感染后14-16h。

2．病毒血症阶段  通常在原发性水疱出现数小时后，大量的病毒进入淋巴和血液循环系统，导致病毒血症。此时，机体产生全身性反应，引起体温升高，出现全身症状。人工感染后20～26h，血液和部分内脏中含有大量病毒，56h后则湿著减少。

3．继发性水疱阶段  FMD病毒对口、鼻、蹄、  舌及乳房等处的上皮细胞有极强的亲和力。继病毒血症之后1- 3d，病毒随着血液循环，抵达嗜好部位如口腔黏膜、舌面、鼻端、蹄冠、趾间、蹄底等部位的皮肤表层组织内，继续繁殖，形成继发性水疱，称作第二期水疱。此外，病毒还会在其他组织如胰腺、唾液腺、乳房腺泡与腺管上皮细胞、胃、直肠及肾脏的上皮细胞以及肌细胞内繁殖。病毒在心肌组织内繁殖，致使心肌变性或坏死而出现白色或淡灰色的斑点条纹，形成所谓“虎斑心”，多见于幼畜。

4．转归阶段  随着第二期水疱的发展、融合、破裂，体温一。一般随即下降，逐渐恢复正常，病毒从血液中逐渐减少以至消失，病畜即进入恢复期。